Keçi peyniri, tüm süt ürünlerinde olduğu gibi, bir miktar laktoz içerir. Genellikle peynir, onu üretmek için kullanılan sütten daha düşük laktoz içeriğine sahiptir. Peynir yapımında laktoz, peynir haline gelen kıvrımlardan alınan peynir altı suyu ile bağlanır.
Peynir yaşlandıkça, buharlaşma yoluyla ek peynir altı suyu kaybederek laktoz içeriğini daha da düşürür. Keçi sütünde başlangıçta 100 gram süt başına 4.1 gram laktoz, inek sütünden 0.5 gram daha az bulunur. İnsan sütünün kıyaslamasına göre, her 100 gram süt için 6.9 gram laktoz vardır.
Laktoz intoleransı vücudun laktozu sindirmek için gereken enzim laktazını üretememesidir. Yaşlanmış peynir, üretimi sırasında laktoz intoleransı tarafından tüketim için kabul edilebilir kılmak için yeterince laktoz kaybeder.