Matcha yeşil çayın yan etkileri, mide rahatsızlığı ve kabızlığı içerebilir. Bu çay yüksek bir kafein içeriğine sahiptir ve Ulusal Sağlık Enstitüleri günde beş bardaktan fazla içmeyi öneriyor.
Çok miktarda, matcha çayı, diğer yeşil çaylarla birlikte uykusuzluğa, kalp çarpıntısına ve baş dönmesine neden olabilir. Çaydaki kafein, bu etkilerin yanı sıra irritabl bağırsak sendromunun ishal ve ağırlaştırılmasına neden olabilir. Yeşil çaylar, bazı ilaçlar ile, özellikle tansiyon ve kalp ritimlerini kontrol edenlerle etkileşime girebilir. Ulusal Sağlık Enstitüsünü belirtir, hamile veya emziren kadınlar için güvenli olmayabilir.