Yeşil çay tüketmenin olumsuz yan etkilerinin çoğu, WebMD'ye göre baş ağrısı, sinirlilik, uykuya dalma sorunu, kusma ve ishal gibi kafein içeriği ile ilişkilidir. Diğer olumsuz yan etkiler düzensizdir. kalp atışı, sinirlilik, titreme, kasılma ve genel karışıklık.
Bazı insanlar yeşil çay yüzünden kabızlık yaşayabilir. WebMD'ye göre, diğer insanlar yeşil çay tüketirlerse ciddi karaciğer problemleri yaşayabilirler. Gebe olan kadınlar günde 2 bardaktan eşit 200 mg yeşil çay tüketebilirler. Bu miktardan daha fazla yeşil çay tüketmek, düşük ve olumsuz doğum etkileriyle bağlantılıdır. Yeşil çay, irritabl barsak sendromu olan kişilere problem yaşarken, glokomlu insanlar gözlerde artan baskılar yaşayabilir.