Küflü ekmek yemenin temel tehlikesi, mide ağrısı veya kalıba karşı alerjik bir reaksiyondur. Küfün, ekmek içinde mikotoksinlerin oluşmasına neden olan ve insanlara önemli sağlık tehditleri oluşturan durumlar vardır onları yut. Bu tehlikeli küf oluşumları zararsız olanlardan ayırt edilemez.
Küflü ekmek, mide ağrısı, kuru veya kaşıntılı ağız ve genel küf duyarlılığına bağlı alerjik semptomlar gibi fiziksel yan etkiler oluşturur. Toksinlerin küf ile birlikte geliştiği durumlarda, insanlar ciddi fiziksel problemlerden muzdarip olma tehlikesi altındadır. Küf gelişimine bakarak bu toksik maddelerin bulunup bulunmadığını söylemek mümkün değildir.
Mikotoksinler, aflatoksin, sitrinin ve okratoksin gibi çeşitli varyasyonlarda bulunur. Mikotoksin mantar oluşumlarının ekmek üzerinde oluşturduğu toksik maddeler, daha aşırı durumlarda RNA sentezi depresyonu, karaciğer kanseri, böbrek yetmezliği ve ölüm gibi sorunlara neden olmaktadır. Bu küfün gıdalardaki varlığını tespit etmek genellikle zordur.
Küflü ekmeğin içinde ortaya çıkan diğer mikotoksinler sinir sistemine saldırır veya ateş benzeri semptomlara neden olur. Bu maddelerin ciddi yan etkilerin ortaya çıkması için ılımlı miktarlarda tüketilmesi gerekir, ancak yine de herhangi bir hacimde mikotoksin alması tehlikeli kabul edilir.