Karpuz tohumu yemek, bir kişinin sağlığı için fena değil. Bunun yerine, içerdikleri cucurbocitrin ve lif, vücudun gastrointestinal, kardiyovasküler ve böbrek sistemlerine faydalıdır.
Karpuz tohumlarındaki cucurbocitrin, kan basıncını düşürerek dolaşım sistemine yardımcı olur. Bu kan basıncını düşürmek, aşırı gerginliği azaltarak böbreklerin daha iyi çalışmasına yardımcı olur, böylece organlar kan akışından toksinleri etkin bir şekilde temizleyebilir.
Özellikle karpuzun etiyle yenildiğinde, tohumlar bir kişinin diyetine fazladan lif ekler. Et çözülebilir bir kaynak olmakla birlikte, tohumlar çözünmeyen lif olarak kütle ekler. Sindirim sistemini düzenli tutmaya yardımcı olurlar. Lifli tohumlar ayrıca tokluk hissi yaratır, böylece bir kişi yemek sırasında fazla yemek yapmaz.