Ekşi bir koku, renk değişikliği ve küflenmenin tümü portakal suyunun kötü gittiğinin ve atılması gerektiğinin işaretidir. Ekşi koku tipik olarak bozulmanın ilk göze çarpan belirtisidir, küf gelişimi ise sonuncusudur.
Portakal suyunda herhangi bir anormal koku veya küf göründüğünde, meyve suyu tatma olmadan atılmalıdır. Portakal suyunda oluşan ekşi koku, suyuna giren ve mayalamaya başlayan mikro organizmalardan kaynaklanır. Bazı durumlarda, bu şarap, bira, sirke veya diğer alkollere benzer bir koku olabilir. Mikroorganizmalar mevcut olduğunda, fermentasyon işleminin kontrol edilmeden devam etmesine izin verilirse, suyu tutan kap ayrıca şişebilir veya patlayabilir.
Açılmamış bir portakal suyu kabı buzdolabında bir ila iki hafta sürer, açılmış bir portakal suyu kabı beş ila yedi gün sürer. Meyve suyu açıldığında, kirletici maddelerin ve nemin girmesini önleyen, raf ömrünü daha da kısaltabilecek şekilde, sıkıca kapanan bir kapaklı bir kapta saklanmalıdır. Açıldıktan sonra, bakteri üremesini önlemek için derhal buzdolabında portakal suyu saklanmalıdır. Portakal suyu, raf ömrünü daha da uzatmak için dondurulabilir.
