Karpuz tohumları yenilebilir ve az miktarda demir, çinko ve protein içerir. 24 tohumda 1 gram protein var.
Asya'da karpuz tohumları kavrulur, baharatlanır ve atıştırma olarak yenilir. Ayrıca un haline getirilir ve ekmek yapımında kullanılır. Karpuzun kabuğu da yenilebilir.
Çekirdeksiz karpuz genetik olarak işlenmedi. Diploid ve tetraploid karpuzlar geçtiğinde hibridizasyon yoluyla ortaya çıkarlar. Diploid karpuzları iki set kromozom içerir ve tetraploid karpuz dört set kromozom içerir.
