Çikolata kafein içerir ve aşırı miktarda yemek, sinirlilik, sık idrara çıkma, hızlı kalp atışı ve uyku zorluğuna neden olabilir. Hamile ve emziren kadınlar, yüksek tansiyon, glokom veya sindirim bozukluğu olan bireylerde olduğu gibi çikolata tüketimini ılımlı yapmalıdırlar.
Çikolata veya kakao, alerjik cilt reaksiyonlarına ve kabızlık, bulantı, mide rumbling, gaz veya genel bağırsak rahatsızlığı gibi mide rahatsızlığına neden olabilir. Çok miktarda çikolatanın içerdiği kafein ayrıca migren ve kaygıya neden olabilir ve kan pıhtılaşma sürecini yavaşlatabilir ve kanama bozukluğu olan kişilerde kanama ve morluklara neden olabilir. Kalp rahatsızlığı olan kişiler, kakao tüketimini düzensiz kalp atışlarına neden olabileceğinden izlemelidir. İrritabl barsak sendromu, diyare ve gastroözofageal reflü bazen kafein ile kötüleşir.
Hamilelik sırasında, çikolatadaki kafein erken doğuma, düşük doğum oranına ve düşüklere katkıda bulunabilir. Annelerinin anne sütünden kafein tüketen emziren bebekler sinirlenebilir ve çok sık bağırsak hareketlerine neden olabilir. Osteoporoz, glokom ve yüksek tansiyonu olan kişiler çikolatadaki kafeinden rahatsız edici semptomlar yaşayabilir ve ameliyat olmak üzere olan herkes ameliyattan iki hafta önce tüm kakao tüketimini kesmelidir, çünkü ameliyat sırasında ve sonrasında kan şekeri kontrolünü engelleyebilir cerrahi.