Babka ekmeği Doğu Avrupa Yahudileriyle kaynaşmış olabilir veya İtalyan pannetonunun uzak bir akrabası olabilir. Babka ekmeğinin tam kökenleri bilinmiyor.
Babka ekmeği Polonya veya Ukrayna'da ortaya çıkmış olabilir. Bir teori, onun eski sistemin bir parçası olarak eski bir doğurganlık ritüelinin bir parçası olduğunu gösteriyor. Bu tür haddelenmiş, doldurulmuş ekmek özellikle Rusya, Belarus, Baltıklar, Polonya ve Ukrayna'da popülerdir. "Babka" adı, büyükannenin Slav sözcüğü olan "babcia" ile ilgilidir. Bir teori, babka pişirmek için kullanılan geleneksel Polonya tavasının yaşlı bir kadının eteğindeki kıvrımlara benzemesidir. İsimle ilgili bir başka teori de, büyükannelerin yemeğin birincil fırıncıları olduklarıydı.
Bir başka teori, babka'nın aslında İtalyan panneton ekmeğinin "Rus" bir versiyonu olarak gördüğü İtalya'dan geldiğini iddia ediyor. Muhtemelen Kraliçe Bona Sforza, geleneği 16. yüzyılda Polonya'ya getirdi. Babka'nın İtalya'da ortaya çıktığı fikri, bazı sürümlerde çikolatanın dahil edilmesiyle desteklenmektedir. Yahudi halkı İtalya'da çikolata oldu ve 15. yüzyılda İspanyol Engizisyonundan kaçtıklarında geleneği beraberlerinde getirdiler.
Babka bir zamanlar mevcut sürümden daha büyüktü. 19. yüzyılın başlarında Polonyalı fırıncılar, modern babka ekmeğinin temelini oluşturan reçel, tarçın ya da kuru üzümlü bir tatlıyı hazırlamak için yumurta çayı hamurunu kullanmaya başladı.
