Pancar suyunun istenmeyen yan etkileri arasında geçici vokal kord paralizisi, karaciğer toksisitesi, ishal, kusma, kırmızı dışkı veya idrar ve böbrek ya da safra taşları için artmış eğilim bulunur. birçok yarar, ancak çok fazla tüketmek bu yan etkilere neden olabilir.
Pancar suyunu tüketmenin ve yan etki riskini sınırlandırmanın yolları vardır. Pancar suyunun havuç veya kereviz suyuyla birleştirilmesi, örneğin vokal kord felci olasılığını azaltabilir. Pancar suyu güçlü bir temizleyici olarak kabul edildiğinden, çok miktarda tüketilmesi karaciğere karaciğerin yeterince işleyemediği toksinleri atabilir. Karaciğer veya böbrek koşulları bilinen kişiler, pancar suyunu çok küçük miktarlarda içmek isteyebilirler.
Kusma ve ishal etkilerine pancar suyunun konsantre etkinliği ve bağırsak üzerindeki güçlü etkisi neden olur. Kabızlık için bir tedavi olarak kabul edilir, ancak gevşek bağırsaklara eğilimi olan veya irritabl bağırsak sendromu olanlar pancar suyu ile daha da kötüleşir.
Pancar suyundaki yüksek oksalat içeriği, vücudun mineralleri kristalize etme eğilimini arttırır, böbrek veya safra taşları şansını artırır. Pancar suyu derin, doğal kırmızı renginden dolayı dışkı ve idrarı kırmızıya çevirme eğilimindedir. Bu endişe verici görünebilir, ancak tehlikeli değildir.