Nektarin çukurlarının içindeki çekirdekler, vücudun siyanide metabolize ettiği az miktarda siyanojenik glikozit içerir. Bununla birlikte, miktar o kadar küçüktür ki bir çukur bir yetişkine çok az tehdit edicidir.
Çoğu meyve çukurları genellikle az miktarda siyanojenik glikozit içerir ve nektarinler istisna değildir. Bununla birlikte, mevcut çok küçük bir miktarın yanlışlıkla yutulması nedeniyle bir yetişkine zarar vermesi muhtemel değildir. Aslında, bu çekirdeklerin küçük miktarları bazen diğer yiyecekleri arttırmak için aromatik olarak kullanılır. Acı tat, kasıtlı alımları daha az olası hale getirse de, çocuklarda ve evcil hayvanlarda, toksisiteye daha düşük direnç gösterdikleri için daha fazla dikkat gösterilmelidir.
