Doğru şekilde saklanırsa, mısır unu rafta yaklaşık bir yıl taze kalır. Hava geçirmez, neme dayanıklı bir kapta saklanırsa, mısır unu yıllar boyunca dondurucuda kalabilir.
Rafta, mısır unu serin ve kuru bir yerde muhafaza edilmelidir. Saklama kabı hava geçirmez olmalıdır. Isı ve nem, mısır unu kullanılamaz yapan küf oluşumunu teşvik eder. Yüksek sıcaklıklar böcekler için iyi bir üreme zemini sağlar.
Mısır unu, hava geçirmez plastik bir gıda torbasında güvenle saklanabilir. Torba daha sonra büyük, kapaklı, temiz ve hava geçirmez bir kaba konur. Bu, yerden serin, kuru ve karanlık bir yere yerleştirilir. Her açıldığında ve tekrar kapatıldığında plastik torbadan hava sıkılmalıdır.