Doğal peynir tamamen doğal malzemelerden üretilir ve olgunlaştırılırken işlenmiş peynir genellikle koruyucu maddeler ve yapay malzemelerle birlikte kısmen doğal peynirden yapılır. İşlenmiş peynir daha sonra emülsiyon haline getirilir ve dilimlemek için şekillendirilir veya preslenir ve teneke kutulara konur. İşlenmiş peynir ayrıca, genellikle doğal peynirden daha yüksek bir sodyum içeriğine sahiptir ve doğal peynirin aksine, genellikle rafa dayanıklıdır.
Doğal peynirlerin çoğu, süt, peynir mayası (ruminantların midesinde üretilen enzimler) ve tuz gibi çok basit malzemelerden yapılır. Doğal peynir lezzetleri ve dokuları çoğunlukla farklı süt ve peynir mayası türevlerinden elde edilir. Peyniraltı suyu lordan uzağa drene edildikten sonra, doğru tadı elde etmek için tekerlekler haline getirilir ve yaşlandırılır (bazı durumlarda 60 günden üç yıla kadar).
İşlenmiş peynirler bazı doğal peynirler içerirken, peynir altı suyu, peynir kültürü ve sodyum sitrat, sodyum fosfat ve sorbik asit gibi diğer katkı maddelerini de içerir. Ayrıca, birçok doğal peynirin aksine, çok işlenmiş peynir, portakal rengini renklendirmek için annatto içerir. Çoğu işlenmiş peynir uzun raf ömrü için tasarlanmıştır, bu nedenle emülsiyon haline getirilip karıştırıldıktan sonra hemen paketlenebilir ve gönderilebilir. Her ne kadar doğal peynirlerden bir şekilde daha uygun olsa da, işlenmiş peynir de genellikle çedar ve İsviçre gibi yaygın çeşitlerden daha pahalıdır.
