Yoğurt, probiyotik olarak bilinen faydalı bakteriler içerir. Tipik olarak, yoğurtta bulunan probiyotikler Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgarikus veya Streptococcus thermophilus. Bunlar hem insan sindirim kanalında gelişen ve sağlıklı bağırsak florasını destekleyen bakteriyel türlerdir.
Üretim sürecinde yoğurt, yoğurt kültüründeki zararlı bakterileri öldürmek için genellikle en az 80 derece Fahrenheit'e kadar ısıtılır. Probiyotikler, yoğurt karışımı ısıtıldıktan ve tekrar soğutulduktan sonra ilave edilir. Fermantasyon, lor ve kalınlaşma, soğutmadan sonraki 4 ila 7 saat içinde gerçekleşir, bu noktada yoğurt yemeye hazır olur.