Protistler ve monerler arasındaki en büyük fark, protezlerin prokaryot olmasına rağmen protistlerin ökaryotik olmasıdır. Amipler gibi protistler, bakteri gibi monerlerden daha fazla insanlarla yakından ilişkilidir.
Demir paralar ve protistler her ikisi de tek hücreli organizmalardır, ancak benzerlikleri büyük ölçüde brüt anatomi düzeyinde sona ermektedir. Monera, tüm gerçek bakterileri içeren bir gruptur, Krallık Protista ise tek hücreli alg, amip ve parameciyi içerir. Protistler nispeten basit dış zarlara ve eşit derecede basit veya olmayan hücre duvarlarına sahiptir. Monerler kimyasal olarak kompleks hücre duvarlarına sahiptir ve çok az istisna dışında, protistler arasında yaygın olan kirpikler, flagella veya psödopodialara sahip değildir. Protistler, çoklu kromozomlara organize edilmiş doğrusal-yönelimli DNA içeren ayrı hücre çekirdeklerine sahiptir. Eskilerin çekirdekleri yoktur ve DNA'ları halka şeklinde tek bir kromozom olarak düzenlenmiştir. Protistler, tüm ökaryotlarda olduğu gibi, proteinler sentezini gerçekleştirir ve organel denilen, moneterlerin tamamen yoksun olduğu farklı hücresel bileşenlerin yardımıyla protein sentezini gerçekleştirir. Protistler, türlere ve çevreye bağlı olarak cinsel olarak veya eşeysiz olarak üreyebilirken, monerler genellikle eşeyli bölünme yoluyla eşeyli olarak çoğalırlar. Monera bugüne kadar yaşamın en büyük ve en çeşitli krallığıyken, protistler kimya, anatomi ve davranışta göreceli bir benzerlik koruyorlar.
