Bakteriler ve protozoalar, prokaryotlar olarak sınıflandırılan bakterilerle ve ökaryotlar olarak koruyan bakterilerle çok yakından ilişkilidir. İki organizma yapısal olarak farklıdır. Bakteriyel hücrelerin çekirdeği yoktur ve protozoa, mitokondri gibi organelleri içerir.
Bakteriler genellikle bakterilerle beslenen protozoalardan daha küçüktür. Tüm protozoalar avlarını vakuol adı verilen küçük cepler içine sararak "yer", bakteri besinleri hücre duvarlarından emebilir. Bakteriler neredeyse her zaman basit ikili fisyon ile ürerler. Bazı protozoalar da bu yöntemi kullanırken, bazıları ikiden fazla çocuğa ayrılır ve bazıları cinsel olarak çoğalır.
