Kefir'in dezavantajları doymuş yağ içeriğini, nispeten yüksek kalori yoğunluğunu ve ağır şeker konsantrasyonunu içerir. Kefir ayrıca bazı ilaçlarla zayıf etkileşime girer. Kefirde bulunan bakteri, maya ve probiyotikler ayrıca kabızlık, bağırsak krampları ve mide ağrısı gibi sindirim sorunlarına da neden olabilir.
Fermantasyon işlemi sırasında yaratılan bakteriler nedeniyle kefir, bağışıklık sistemi zayıflamış kişilerde hastalıklara ve enfeksiyonlara neden olabilir. Ayrıca, Crohn Hastalığı ve İrritabl Bağırsak Sendromu gibi bağırsak bozukluklarının semptomlarını daha da kötüleştirir.
Potansiyel yan etkiler, kefirin bir başka dezavantajıdır. Kefir'de bulunan bakteri ve probiyotikler, özellikle kullanıcılar ilk önce kefir içmeye başladığında, çoğu zaman istenmeyen yan etkilere neden olur. Olumsuz yan etkiler mide bulantısı, karın ağrısı, baş ağrısı, ishal, mide rahatsızlığı, şişkinlik ve gazdır. Bazı insanlar sivilce veya kaynar gibi cilt problemlerini rapor eder.
Kefir ayrıca antidepresanlar alan kişilerde tehlikeli kan basıncı yükselmelerine neden olur. Baziliksimab, azatiyoprin, takrolimus ve prednizon gibi immünosupresan ilaçların çoğuna müdahale eder. Araştırmalar, kefirin bazı hastalarda migreni tetikleyebileceğini gösteriyor.
Ek olarak, kefirin herhangi bir tıbbi durum için uygun bir tedavi seçeneği olduğuna dair somut bir kanıt yoktur. Çok sayıda iddiaya rağmen, kefirin yüksek kolesterolü arttırdığına, antibiyotik kaynaklı ishali tedavi ettiğine, laktoz intoleransını iyileştirdiğine veya ağız yaralarını azalttığına dair kanıt yoktur.
