Organik gıda yemenin dezavantajları, geleneksel ürünlerden daha yüksek maliyetler ve daha düşük bulunabilirliktir. Organik ürünler üreten çiftçiler, mahsulün büyümesini teşvik etmek ve yabancı otların yayılmasını önlemek için bazı gübreler ve böcek ilaçları kullanmaz. Bunu yapmak çevresel faydalar sağlasa da, aynı zamanda üretimi azaltır ve tüketici fiyatlarını etkiler.
Organik çiftçiler, geleneksel çiftçilerden daha fazla ürün tehdidi riskiyle karşı karşıyadır. Bitkileri kuraklık ve hastalık gibi doğal faktörlere karşı daha az direnç geliştirir. Düşük direnç, ürün hasarı ve fiyat artışını gerektiren düşük üretim üretir. Organik çiftçiler ayrıca geleneksel tarım ürünlerinden yardım almadan daha düşük kaliteli ürünler üretiyorlar. Organik ürünlerin mağaza raflarına ulaşması geleneksel ürünlerden daha uzun sürer. Hasat, nakliye ve dağıtım işlemleri organik ürünler için uzar. Buna karşılık, bu ürünler tüketicilere ulaştıklarında daha yaşlı ve daha az taze görünüyor.
Öngörülebilir mevcudiyet eksikliği, organik ürünlerin çekiciliğini de olumsuz etkiliyor. Tüketiciler genellikle yıl boyunca mağazalarda geleneksel tarım ürünleri bulmaktadır. Ancak organik ürünler belirli mevsimlerde gelir. Organik çiftçiler, ham halde tüketim ve diğer bakkaliye ürünlerinin üretimi için organik ürünler yetiştiriyorlar. Gıda üreticileri, ABD Tarım Bakanlığı (USDA) tarafından belirtilen federal organik gereksinimlere uygunluk gösteren etiketler kullanmaktadır. Etiketler, ürünlerdeki organik madde miktarını gösterir. Yüzde 100 organik etiket içeren ürünler tüm organik bileşenlerden elde edilir. "Organik" etiketli tüm ürünler en az yüzde 95 oranında organik içerik içermelidir.
