Hidrojen atomları, pozitif yüklü tek bir proton ve negatif yüklü tek bir elektron içeren nötr bir yüke sahiptir. Diğer tüm elementlerin aksine, hidrojen atomları nötron içermez.
"Atomik hidrojen" terimi, tekil, bağlanmamış hidrojen atomlarını belirtir. Atomik hidrojen, evrendeki kütlenin yüzde 75'ini oluşturur. Dünyada, hidrojen tipik olarak iki atom atomunun birbirine bağlı olduğu anlamına gelen iki atomlu bir durumda bulunur. Diyatomik hidrojen, H2 moleküler formülü ile ifade edilir. Gümrüklü hidrojen sadece son derece yüksek sıcaklıklarda ayrışır, ayrışma oranı 4.940 derece Fahrenhayt'ta yüzde 7.85'tir.
