12 proton içeren nötr bir atom element magnezyumdandır. Eğer atom pozitif veya negatif yüke sahipse, yine de magnezyum elementinden olur; ancak, o zaman bir iyon olarak sınıflandırılır.
Protonlar, bir atomun temel kimliğini belirler. Eğer biri bir protonu kaldırır veya proton eklerse kimliği değiştirir. Örneğin, eğer bir magnezyum atomundan bir proton çıkarılırsa, o zaman bir sodyum atomu olacaktır. Bir elementin atomundaki protonların sayısı, periyodik tabloların çoğunda hücrelerin sol üst köşesinde görüntülenir; buna atom numarası denir. Protonlar pozitif olarak yüklenmiştir. Atomun diğer ana kısımları negatif yüklü elektronlar ve yüklenmemiş nötronlardır. Atom sayısından daha az veya daha fazla elektrona sahip olan atomlar sırasıyla pozitif ve negatif olarak yüklenir. Değişken sayıda nötron içeren atomlara "izotoplar" denir.
