GDO'ların veya genetiği değiştirilmiş organizmaların kullanımında iki büyük avantaj, ürün verimi ve zararlılara ve hastalıklara karşı dirençtir. Genetik modifikasyon her zaman kimyasalların kullanımını içermez ve bazen gerçekleştirilebilir aşılama, seçici üreme ve çapraz üreme yoluyla.
Genetiği değiştirilmiş organizmaların hem üreticiler hem de tüketiciler için olumlu bir etkisi olabilir. Ekonomik açıdan bakıldığında, GDO'lar mahsul verimini artırabilir ve çiftçileri daha verimli hale getirir. Verimlilikteki bu artışlar, mahsulde yetişen çok çeşitli genetik avantajların bir sonucu olabilir. Örneğin, soğuğa ve dona karşı direnci yüksek olan çeşitli marul, çiftçinin erken bir donun bir komploya büyük bir kısmına zarar vermesinden sonra daha büyük bir hasatı tutabileceği anlamına gelebilir.
Tüketicilere ve üreticilere avantaj sağlayan kanıtlanmış bir genetik modifikasyon örneği, on dokuzuncu yüzyılın sonlarında üzüm bağlarında Amerikan anaç kullanımıdır. Anaçayı Amerika'dan Avrupa'ya gönderdikten sonra, Phylloxera olarak adlandırılan oldukça agresif bir yaprak biti salgını Avrupa bağlarını yok etti. Amerikan bağlarının böceğe neredeyse duyarlı olmadığını fark ettikten sonra şarap üreticileri asmaları New World köklerine aşılamaya başladılar. Sonuç olarak, Avrupa pazarı salgından neredeyse tamamen kurtulabildi.
Bununla birlikte, GDO'ları oluşturmak için kullanılan genlerin güvenliği ile ilgili kesin bilimsel verilerin olmayışı, güvenlik endişeleriyle ilgili belirsizlik sunar. Bir başka potansiyel dezavantaj, daha yüksek pestisit dozlarına dayanacak şekilde değiştirilen mahsullerin, tüketiciye ulaştıklarında gıdada kalan daha fazla kimyasal madde riskini kaçınılmaz olarak göstermesidir. Bu nedenle, sadece organizmaları modifiye etmek için kullanılan genler kendi başlarına zararlı olabilir, aynı zamanda üretim sırasında eklenen kimyasallar da risk oluşturabilir.
