Gıda katkı maddelerinin dezavantajları, alerjik reaksiyonlara ve diğer ciddi sağlık sorunlarına neden olmalarıdır. Gıda katkı maddeleri genellikle bir ürünün içerik etiketinde listelenir, ancak işlevleri nadiren açıklanır.
2012 yılında yapılan bir Türk araştırması, gıda katkı maddelerine alerjik reaksiyonların son 20 yılda çoğaldığını belirtti. Bu alerjilerin semptomları cilt iritasyonları, bağırsak rahatsızlıkları ve solunum problemleridir. Bununla birlikte, bu semptomların çoğu küçüktür ve bildirilmemiştir. Alerjik reaksiyonları tetikleyen en yaygın katkılar mono-sodyum glutamat sülfitleri, gıda renklendiricilerini ve yapay tatlandırıcıları içerir.
Annals of Allergy tıp dergisinin 1994 sayısında yayınlanan bir araştırma DEHB ile yapay renk ve koruyucu madde tüketimi arasında önemli bir bağlantı olduğunu göstermiştir. Hiperaktiviteye bağlı bazı kimyasallar sodyum benzoat, kırmızı yiyecek boyası ve çeşitli sarı yiyecek boyalarıdır.
Aspartam, sakarin, nitritler ve benzoat, hayvan araştırmalarında kansere bağlanan gıda katkı maddeleridir; Aksine, Gıda ve İlaç İdaresi, hiçbir insan araştırması yapılmadığı için, bu potansiyel olarak zararlı kimyasalları gıdadan çıkarmanın bir gerekçesi olmadığını belirtir.
