Geçici mikrobiyota normalde yaşamayan ve insan vücudunda üreyen mikroorganizmalardır. Bu tür organizmalar bir konakçıyı kolonize edip kısa bir süre çoğaltabilse de, insan vücudunun savunmasına izin vermez Onları kalıcı olmaları için.
Alınan geçici mikrobiyota deriden kolayca yıkanabilir. Aksine, normal el yıkama sırasında normal mikrobiyota deriden temizlenemez. Geçici mikrobiyotaların yarattığı en büyük tehlike, insan vücuduna girme ve hastalığa neden olma yetenekleridir. Normal olarak, mikroorganizmalar insan vücuduna doğal giriş portları veya derideki kırılmalarla girer.