Her mikroorganizma tehlikeli olmasa da, bazı mikroorganizmalar insanlarda ve diğer canlılarda hastalığa ve enfeksiyonlara neden olabilir. Mikrop olarak da adlandırılan mikroorganizmalar ayrıca gıdaların ayrışmasına ve bozulmasına neden olabilir ve ayrılabilirler. Kirlenmiş malzemeden atılsalar bile arkasındaki toksik atık ürünler.
Bazı durumlarda, mikroorganizmalar küçük popülasyonlarda faydalı etkilere sahip olabilir, ancak aşırı büyüme sorunlara neden olabilir. Örneğin, insan sindirim sistemi içinde yaşayan bakteriler, vücuttaki diğer mikroplarla dengelendiğinde, sindirim işleminde önemli bir amaca hizmet eder. Bununla birlikte, bir besin dengesizliği veya zayıf bir bağışıklık sistemi bakteri popülasyonlarının büyümesine izin vererek bağırsak enfeksiyonuna ve potansiyel olarak tehlikeli bir hastalığa neden olabilir.
