Balık, balığın yediği yemek türüne adapte edilmiş mideleri olan temel bir sindirim sistemine sahiptir. Alınan yiyecekler, daha fazla sindirildiği bağırsağa taşınmadan önce midede kısmen sindirilir ve midede yenen yiyeceklerden alınan besinlerin emilmesi sağlanır.
Emilmeyen yiyecekler, balığın atık olarak anal açıklığından çıkar. Balıklara kendileri için önerilen yiyecekleri beslemek önemlidir. Örneğin, otçul balıklar yüksek lifli bir diyete ihtiyaç duyarken, etçil balıklar protein yönünden zengin yiyeceklere ihtiyaç duyarlar. Etçiller, daha kısa bağırsaklara ve genel olarak daha basit sistemlere sahiptir, bu nedenle yiyecekleri vücutta hareket ettirme süreci biraz farklıdır.