Bir su molekülündeki oksijen atomu kısmi bir negatif yük taşır ve iki hidrojen atomu kısmi bir pozitif yük taşır. Oksijen hidrojenden daha elektronegatiftir, bu nedenle bir su molekülünde bağlanma elektronları eşit olarak paylaşılmaz.
Bir su molekülü, iki hidrojen atomuna eşleştirilmiş bir oksijen atomundan oluşur. Molekül, paylaşılan elektronların dengesiz dağılımından dolayı polar olarak kabul edilir. Daha fazla elektronegatif oksijen, elektronları daha az elektronegatif hidrojenden alıkoyar ve atomlar üzerinde kısmi yüklere neden olur. Kısmi yükler, su moleküllerinin diğer su molekülleriyle hidrojen bağları oluşturmasını sağlar. Su moleküllerinde hidrojen bağı, suyun eşsiz özelliklerinin çoğundan sorumludur.
