Protoplazma ve sitoplazma arasındaki fark, eski olanın bir hücrenin sitoplazmasını ve çekirdeğini kapsamasıdır, oysaki sitoplazma, hücrenin zarının altında bulunan yarı sıvı maddedir. Bu, farkın küçük olduğu anlamına gelir. Her iki terim de kabaca aynı hassasiyet düzeyine sahip bir hücrenin aynı bileşenlerini ifade edebilir.
Protoplasma, büyük ölçüde yanlış kökenli olması nedeniyle modern biyolojide kullanımdan kaldırılmış bir kelimedir. Günümüzde, hücrelerin sadece protoplazma kapları olduğunu ima etmek yerine sadece sitoplazmaya ve çekirdeğe değinmektedir. Modern bilim o zamandan beri hücrelerin çok daha karmaşık olduğunu keşfetti.
Sitoplazma, mitokondri, Golgi cihazı ve hücre iskeleti gibi organelleri çevreleyen, çekirdeği olan hücre organellerini içeren maddedir. Bu bileşenlerin tümü, hücrenin hayatta kalması için hayati fonksiyonları yerine getiren büyük organizmaların organları olduğu gibi bir hücrenin bir parçasıdır. Örneğin, mitokondri hücrenin kullanımı için adenozin trifosfat formunda enerji üretir, hücre iskeleti hücrenin şeklini ve yapısını korur ve Golgi cihazı daha sonra hücresel hedeflerine taşınması için proteinleri değiştirir, paketler ve sıralar. >
