Temel fark, nişastanın bitkiler tarafından dönüştürülürken glikojenin hayvanlar tarafından dönüştürülmesidir. Ancak, hem nişasta hem de glikojen, alfa glikozun polisakarit polimerleridir.
Nişasta, a-1,4 bağları ile birbirine bağlanmış yüzlerce glikoz halkası olan bir amiloz veya bir-1,4 ve a'nın bir kombinasyonu ile bağlanmış binlerce glikoz halkası içerebilen amilopektin formunda olabilir. -1,6 bağlantı.
Glikojen, daha sonra kullanılmak üzere hayvanların glikoz depoladığı yoldur. Hem moleküler dallara izin veren hem de 1,4 ve a-1,6 bağları vardır, bu da birçok moleküler dallara izin verir ve sonuç olarak glikoza geri hidrolizle daha hızlı dönüşüm için daha büyük bir yüzey alanına sahiptir.