Birçok insan etkinliği, tümü ekosistemlere zarar veren kirlilik, habitat tahribatı ve iklim değişikliğine neden oluyor. Son 50 yılda akarsu, nehir, göl ve dünya okyanuslarında hasara neden oldu. Gübreler pek çok sucul yaşam için toksiktir ve yerel suların kimyasını değiştirir.
İnsanların ekosistemlere zarar vermesinin bir başka yolu da yerli olmayan türlerin ortaya çıkmasıdır. Ulusal Yaban Hayatı Federasyonu, istilacı türlerin evcil hayvan ticareti yoluyla, teknelerde ve ithal süs bitkileriyle birlikte yayıldığını ileri sürüyor. Bu istilacı türler, ekosistemin dengesini değiştirerek doğal türlerin yerini alabilir. İstilacı türler, Asya sazan balığı gibi büyük balıklardan, Batı Nil virüsü gibi mikroskobik virüslere kadar çeşitli biçimlerde görülür.
Katı atıklarla uygunsuz şekilde başa çıkmak su ekosistemleri için bir takım sorunlara neden olabilir. Dünya Vahşi Yaşam Fonu, okyanusta sudaki zararlı kimyasalları serbest bırakabilen, mercan resiflerine zarar veren veya istemeden yutmuş hayvanlara zarar verebilecek büyük plastik birikimlerinin oluşabileceğini açıklıyor.
Hava kirliliği aynı zamanda doğal ekosistemlere zarar verir. Dünya Yaban Hayatı Fonu'na göre, insanların havada kükürt dioksit salıvermelerine neden olan asit yağmuru aynı zamanda dünyanın doğal yaşam alanlarına da zarar veriyor.
