Balina avcılığının en büyük dezavantajları bazı balina türlerinin potansiyel tükenişini, balina etinin içerebileceği güvenli olmayan civa seviyelerini ve balinaları çıkarmanın neden olabileceği ekosistemlere olası zararı içerir. Ayrıca, balina Nature Publishing Group'a göre izlemek, dünyanın birçok yerinde kazançlı bir iş ve balina avcılığı bu faaliyet üzerinde etkili olabilir.
Balina merkezlerinde balina popülasyonlarına etkisi konusunda büyük bir problem. Örneğin, Atlantik'te yüzlerce yıldır gri balinaların nesli tükenmiştir. Ayrıca, sömürü başlamadan önce yaşayan toplam mavi balina popülasyonunun yüzde 4'ünün olabildiğince az olduğuna inanılıyor.
Daha az balinaların ekosistem üzerinde bir etkisi olabilir. Bir balina öldüğü zaman, bedeni okyanusun dibine batar. Okyanus tabanında bir balinanın vücudu normalde bu kadar bol miktarda yiyecek kaynağına erişimi olmayan birçok farklı canlıya yiyecek sağlar.
Birçok balina avcısı, uygulamanın işler yarattığını ve ekonomiye para koyduğunu iddia etse de, aynı zamanda bir ülkenin ekonomisine zarar verme potansiyeline de sahiptir. Balina gözlemciliği ile ilgili deniz turizminin her yıl 413 milyon dolar üretebileceği tahmin edilmektedir. Ayrıca, balina avcılığından bir gelir kaynağı olan balina eti, tehlikeli düzeyde cıva içerebilir ve cıva zehirlenmesine neden olabilir.
