Hidrojenin nötronu yoktur, sadece tek bir proton ve tek bir elektron. Bir atomun kütlesinin çoğu protonlarında ve nötronlarında bulunur; Hidrojen, tek protonunun kütlesi nedeniyle 1 kütleye sahiptir.
Hidrojenin üç ortak izotopu vardır: protium, döteryum ve trityum. İzotoplar aynı atom numarasına sahiptir, yani aynı elementlerdir, çünkü aynı sayıda proton ve elektrona sahiptirler; Bununla birlikte, kütleleri farklıdır çünkü çok sayıda nötron vardır. Protium'da nötron yok, döteryumda bir nötron var ve trityumda iki nötron var. İzotopların en yaygın olanı, doğada hidrojenin yüzde 99,9'unu oluşturan protium'dur. Normal sudan daha yoğun ve daha ağır olan ağır su, döteryum şeklindeki hidrojenden oluşur. Trityum radyoaktiftir ve atmosferde oluşur.
