Mikroskoplar, çıplak gözle görülmeyen nesneleri veya organizmaları görüntülemek için çeşitli alanlarda kullanılır. Bu cihazlar, biyoloji ve tıpta bakteri, hücre ve vücut dokuları gibi numuneleri incelemek veya analiz etmek için kullanışlıdır. Mikroskopların diğer bazı kullanımları arasında olay yeri incelemeleri, maden örnekleri ve kimyasal maddeler bulunmaktadır.
Suç mahallerinde, adli bilim adamları, mermi vakaları gibi kanıtları bir karşılaştırma mikroskobu altında incelemek için toplarlar. Jeolojide, mineral ve kayaç örnekleri kompozisyonlarını incelemek için mikroskop altında incelenebilir. Kimyada metaller ve elementlerin atomik yapısı gibi farklı malzemeler.
Bilimde kullanılan bileşik, diseksiyon, taramalı elektron ve transmisyon elektron mikroskopları gibi farklı türlerde mikroskoplar vardır. Görüntüler mikroskoplara bağlı olarak iki veya üç boyutlu olabilir. Aynı şekilde, büyütme farklı mikroskoplarla değişir. Örneğin, transmisyon elektron mikroskobu 2-D'de görüntüler sunar ve hem yüksek büyütme hem de çözünürlüğe sahiptir.
