Bitki ve hayvan hücreleri arasında birçok fark vardır, ancak en belirgin farklılıklardan biri bitki hücrelerinin bir hücre duvarına sahip olmasıdır. Hayvan hücrelerinin hücre duvarı yoktur. Hayvan hücreleri düzensiz bir şekle sahiptir ve bitki hücreleri sabit, dikdörtgen bir şekle sahiptir.
Hücre duvarları bitki hücrelerine şeklini verir ve hücreler arası iletişimi düzenlemeye yardımcı olur. Hücre duvarı ayrıca su, oksijen ve karbon dioksitin bitki hücrelerine girip çıkmasına izin verir. Bitkiler, fotosentez sürecinde şeker üretmek için karbondioksit ve su kullanırlar.
Bitki ve hayvan hücreleri arasındaki diğer önemli bir fark, bitki hücrelerinde kloroplast mevcudiyetidir. Kloroplastlar, güneş tarafından üretilen enerjiyi emen bir pigment içerir. Bitkiler bu enerjiyi fotosentezi güçlendirmek için kullanırlar. Hayvanlarda fotosentez gerçekleşmez, bu nedenle hayvan hücrelerinde kloroplastlara ihtiyaç yoktur. Bitki hücreleri de plastitlere sahiptir, ancak hayvan hücreleri yoktur.
Hayvan hücreleri ve bitki hücreleri, pürüzsüz ve pürüzlü endoplazmik retikulum, ribozomlar ve mitokondri gibi ortak diğer organlara sahiptir. Çekirdek hücrenin kontrol merkezi olarak görev yapar ve hem hayvan hücrelerinde hem de bitki hücrelerinde bulunur. Hayvan hücrelerinin merkezcilleri vardır, ancak bitki hücreleri yalnızca bu bitki biçimli yapılarda düşük bitki formlarında bulunurlar. Lizozomlar, hayvan hücrelerinde yaygındır, ancak genellikle bitki hücrelerinde bulunmazlar. Hayvan hücrelerinde bulunan liyozozlar, eski hücre parçalarını sindirir ve büyük gıda moleküllerini parçalar.