Benzalkonyum klorür, topikal bir dezenfektan olarak kullanılır. Enfeksiyonu önler ve küçük yanıklara, kesiklere ve sıyrıklara uygulanır. Yaygın hafif reaksiyonlar, uygulama bölgesinde tahrişi içerir. Daha ciddi reaksiyonlar da ortaya çıkabilir.
Cilde bir benzalkonyum klorür çözeltisi uygulamadan önce, hatırlanması gereken birkaç nokta vardır. Sadece topikal olarak kullanılmalıdır, yani göze veya diğer mukozalara değil, derinin yüzeyine uygulanmalıdır. Uygulamadan önce cilt bölgesi yıkanmalıdır. Eller de yıkanmalıdır. Bölgeye günde üç defaya kadar küçük bir miktar uygulanmalıdır. Tedavi edilen bölge için steril bandajlar kullanılabilir. Etkilenen bölge işlemden önce kurutulmalıdır. Kabarık alanlar için geçerli değildir.
Tüm ilaçlar ve ilaçlar gibi, benzalkonyum klorür diğer ilaçlar ile etkileşime girebilir. Hamile veya emziren kadınlar, benzalkonyum klorür kullanmadan önce doktorlarına danışmak isteyebilirler. Ürünü çok sık kullanmak durumu daha da kötüleştirebilir. Başka bir ürünün daha etkili veya güvenli olup olmadığını tartışmak için çözümü 2 yaşından küçük çocuklar üzerinde kullanmadan önce doktor rehberliği aranmalıdır.