Asit yağmuru etkileri göller, nehirler, dere ve yürüyüşler gibi su ortamlarında en belirgindir. Ancak, asit yağışları, toprak besin maddelerinin sülük edilmesi ve ağaçların doğal savunma alanlarının zayıflatılması yoluyla orman ekosistemlerine giderek daha fazla zarar vermektedir.
Kronik ve epizodik asitlenme, su kütlelerinin asitliliğinin artmasına neden olur ve su ortamında mevcut olan besin miktarını azaltır. Birçok bitki ve balık türü, ortamdaki pH değişikliklerine karşı hassastır ve bu nedenle asidik suda yaşayamazlar. Uyum sağlarlarsa, besinlerin azaltılması balıkları ve diğer bitki ve hayvan yaşamını zayıflatır. Asit yağmuru ayrıca su kütlelerinin alüminyumu emmesine neden olur ve bu da suyu içinde yaşayan türler için toksik hale getirir. Balık ve bitki yaşamına verilen bu zararlı etki, besin zincirini kuşlara ve diğer hayvanlara aktarır.
Asit yağmuru orman ekosistemlerine zararlıdır. Özellikle yüksek kotlarda asit yağışları ağaçlara zarar verebilir ve hastalık ve hatalara karşı doğal savunmalarını zayıflatabilir. ABD'nin doğusundaki ladin çam ağaçlarının azalması asit yağmuru olarak değerlendirilir. Asit yağmuru, kalsiyum ve magnezyum gibi topraktaki temel besinleri sülük eder ve toprakta alüminyumu serbest bırakabilir, bu da ağaçların hayatta kalmak için ihtiyaç duydukları suyu emmesini zorlaştırır. Asit yağmuru aynı zamanda bir orman ekosisteminde aşırı miktarda azotun oluşmasına neden olur ve bu durum derhal zarar vermez, ancak sonunda yakındaki göl ve akarsularda alglerin aşırı büyümesine neden olur.
