Baz eşleştirme, tamamlayıcı nükleotit bazlarının nükleik bir asit içinde birbirine spesifik olarak bağlanmasıdır. Baz eşleşmesinde, bir purin bir pirimidin ile bağlanır; özellikle, guanin, dahil olan nükleik asit tipine bağlı olarak, sitozin ve adenin ile timin veya urasil ile bağlar oluşturur.
Baz eşleştirmesi o kadar spesifiktir ki, eğer bir DNA teli biliniyorsa diğer teli yeniden inşa edebilir. Bu işlem DNA replikasyonu ve haberci RNA'nın transkripsiyonunun temelini oluşturur.
Baz eşlemesinin kesinliği, bazların boyutundan gelir. İki pürin bir basamağa sığamaz ve iki pirimidin, bir nükleik asit molekülünün bir basamağını kapsayacak kadar uzun değildir. Bu konsepte Chargaff'ın DNA baz eşleşmesi kuralı denir. Bu kural ayrıca aden ve timin miktarının neden eşdeğer olduğunu ve bir DNA molekülünde sitozin ve guanin miktarının neden eşit olduğunu açıklar.
