Su molekülleri kovalent bağlara sahiptir. Her molekül iki hidrojen ve oksijen kovalent bağından oluşur. Bununla birlikte, su molekülleri normalde olduğu gibi bir araya getirildiğinde, her bir moleküldeki hidrojen atomları diğer moleküllerin oksijen atomuyla hidrojen bağları oluşturabilir.
Hidrojen ve oksijen atomları, elektronları çektikleri güçte farklı elektronegatiflik değerlerine sahiptir. Bu, hidrojen atomlarının hafif pozitif olduğu ve oksijen atomunun hafif negatif olduğu dipol bağlarına yol açar.
Bir hidrojen bağı adıyla bir bağ olarak adlandırılabilir, ancak bu gerçek bir bağ değildir. Bununla birlikte, hidrojen atomları ve farklı moleküllerin oksijen atomları arasında daha güçlü bir etkileşimdir.