Hidroelektrik enerjinin en büyük dezavantajlarından biri, bir nehrin etrafını çevreleyen insanlara, hayvanlara ve habitatlara zarar vermesinin ana rahatsızlığıdır. Diğer bir problem, barajların ve hidroelektrik santrallerinin inşa edilmesinin uzun yıllar alması ve inanılmaz derecede pahalı olmalarıdır, ancak bir kere tamamlandıktan sonra minimum maliyetleri de vardır. Alanda su bol olmalı ve bakım standartları katı olmalıdır.
Bir hidroelektrik santralinin elektrik üretme kabiliyeti tamamen su akışına bağlıdır, bu nedenle düzenli yağış alan bir yer gerektirir. Barajın oluşturduğu rezervuarı sürekli doldurmak için her yıl yeterli yağmur yağmazsa, hidroelektrik santrali sürekli elektrik üretemez.
Bir baraj yapıldıktan sonra bir alan sular altında kaldığında, o bölgedeki ağaçlar ve diğer bitki yaşamları hızla ölür ve ayrışmaya başlar. Bu olduğunda, metan ve karbondioksit rezervuara ve nihayetinde atmosfere salınır. Baraj aynı zamanda su, içinden akan ilave azot aldığında, balıklar için toksik olabilecek ve deniz popülasyonlarının ölümüyle sonuçlanabilecek başka bir soruna neden olur.
Barajlar ayrıca kırılırsa veya yok edilirse büyük bir su duvarı gönderecek ve akış aşağıdaki herhangi bir şeyi yok edecek büyük bir risk oluşturur.
