İnce bağırsaktaki pH, duodenumdaki pH 6'dan, terminal ileumdaki ince bağırsağın uzak ucundaki pH 7.4'e yükselir. pH, çekumdaki pH 5.7'ye düşer. rektumda pH 6.7'ye kadar.
İnsan gastrointestinal yolunun en asidik kısmı, genellikle pH 1 ila pH 3 civarında olan midedir. Midede yüksek asit, gıda ile yutulan bakterilerle savaşır. Mideden uzaklık arttıkça, pH seviyesi yavaş yavaş artar. Kalın bağırsak pH 5.5 ila pH 7'dir.