Baz çiftleri hidrojen bağları ile bir arada tutulur. Baz çifti oluşturan nükleotitlere bağlı olarak, iki veya üç hidrojen bağı vardır. Hidrojen bağları gerçekte bağlar değildir, ancak bir molekülün pozitif yüklü hidrojen atomları ile negatif yüklü bir atomun başka bir molekülün arasındaki önemli çekim kuvvetleridir.
Tüm DNA baz çiftleri iki nükleotidden oluşur. Bir çiftteki her nokta için dört olası nükleotit vardır; bu, toplamda bir çift için 10 olası kombinasyon olduğu anlamına gelir. Dört nükleotid, tipik olarak sırasıyla A, C, T ve G harfleriyle temsil edilen adenin, sitozin, timin ve guanindir.
