DNA molekülleri merdiven olarak temsil edildiğinde, NIH Genetics Home Reference sitesinde gösterildiği gibi, basamaklar DNA'nın baz çiftlerini temsil eder. DNA'daki bazlar genellikle G, A, Guanin, adenin, timin ve sitozin anlamına gelen T ve C. İki DNA sarmalı çift sarmallı bir sarmal oluşturduğunda, bazlar molekülün ortasında eşleşir.
DNA'daki bazların hepsi aynı boyutta değil. Bu, bir molekülün ortasında nasıl eşleşebileceklerini etkiler. Daha büyük iki baz, pürinler denilen guanin ve adenindir. Pirimidinler olarak bilinen daha küçük iki baz, timin ve sitozindir. DNA moleküllerinin şeker fosfat omurgası, çift sarmalın tüm uzunluğu boyunca aynı mesafede tutulur. Sonuç olarak, pürinler pirimidinlerle eşleşmelidir. İki pirimidin eşleştirilirse, baz çifti çift sarmalın ortasını dolduracak kadar geniş olmaz. İki pürin eşleştirilirse, baz çifti DNA molekülü için çok geniş olacaktır. Purin-pirimidin çiftleri spesifik olarak A ila T ve G ila C'dir çünkü farklı bazlar iki veya üç hidrojen bağı oluşturabilir. A ila T ve G ila C baz çiftleri olma eğilimindedir, çünkü bu eşleştirmeler, her ikisi de aynı sayıda hidrojen bağı oluşturabilen bir pürin ve bir pirimidin tarafından oluşturulmaktadır.
