Düşük büyütülmüş numuneleri gözlemlemek ve katı numunelerin yüzeylerini incelemek için bir stereo mikroskop kullanılır. Diseksiyon, mikrocerrahi ve saatçilik gibi daha yakın gözlem gerektiren işleri yapmak için de kullanılır. New York Mikroskobu Şirketi'ne göre, stereo mikroskopların diğer önemli kullanımları devre kartı üretimi, kırılma yüzeyleri işlemleri ve adli tıptır. Dolayısıyla kilit kullanım alanları; imalat, denetim ve kalite kontrol bölümleridir.
Diğer mikroskop tiplerinden farklı olarak, stereo mikroskop, ışığın görüntüdeki numunenin yüzeyinden yansıması esasına dayanarak çalışır, bir nesneden iletilen ışığa dayanmaz. İki bakış açısı sunan iki objektif merceği ve iki göz merceği var. Diğer bir deyişle, hem sağ hem de sol gözler çalışılmakta olan örnekleri görüntülemek için kullanılır. İki gözün kullanımı görüşü daha da büyütse de, stereo mikroskop altında görüntülenen görüntü, bileşik mikroskop gibi diğer mikroskopların altında görülene benzer. İncelenen numune üzerinden iletilen ışık yerine yansıtılan ışık kullandığından, stereo mikroskop opak numuneleri veya ışığın içinden geçemeyecek kadar kalın numuneleri incelemek için idealdir. Küçük numuneler için, enstrüman diğer mikroskop tiplerine benzer şekilde daha fazla aydınlatma gerektirir.
