Bilim insanlarının ve öğrencilerin soğan hücrelerini lekelemelerinin temel nedeni, çeşitli yapıları ve organelleri ayırt etmeyi kolaylaştırmaktır. Araştırmacının temel özellikleri görselleştirme yeteneğini geliştirmek. Eozin, iyot ve safranin dahil olmak üzere birçok farklı lekeler ve boyalar ortak kullanımdadır.
Soğanlar ve kurucu hücreleri esas olarak renksizdir. Herhangi bir boya veya lekesiz mikroskobik olarak görülürlerse, hücrelerin bölümlerini görselleştirmek zordur. Ancak, lekeli olduğunda, hücrenin birçok farklı yapısı görünür hale gelir. Hücrenin farklı kısımlarını tanımlamaya yardımcı olmak için farklı tiplerde lekeler kullanılır. Örneğin, tükenmez kalem mürekkebi, soğan hücrelerinin çekirdeğini lekelemek için çok uygundur. Osmiyum tetroksit, lipitlerin kontrastını arttırmaya yardımcı olmak için kullanılan siyah bir lekedir. Kristal menekşe, bitki hücrelerinin hücre duvarlarını lekelemek için mordan adı verilen bir kimyasal ile birlikte kullanılan bir lekedir.
Birçok lekeler ve boyalar zararlıdır, bu yüzden sadece canlı olmayan hücrelerde kullanılmaları gerekir. Bunun bir istisnası, canlı hücrelerde kullanılabilecek toluilen kırmızısıdır. Bismark kahvesi canlı hücrelerde kullanılabilecek bir başka lekedir.
