Sıcaklık, filizlenen tohumların yüzdesini ve filizlenme oranını etkiler. Yüksek sıcaklıklarda tutulan tohumların bozulma olasılığı ve çimlenme olasılığı yüksektir. Tohumlar çimlenmeye başladığında, daha yüksek sıcaklıklar, çimlenme hızının düştüğü ve ardından çimlenme hızının düştüğü optimum sıcaklığa kadar daha hızlı çimlenmeyi uyarır.
Çimlenme hızı için optimum sıcaklık türlere göre değişir. Kuru tohumların yüksek sıcaklıklarda filizlenme olasılığı daha yüksektir, ancak ıslak tohumların yüksek sıcaklıklarda filizlenme olasılığı daha düşüktür. Soğuk ve sıcak sıcaklıklar arasında geçiş yapmak, birçok ıslak tohumun filizlenmesini teşvik eder. Bazı tohum türleri çok düşük sıcaklıklarda çimlenmeye uyarılır.
