Tohum çimlenmesi, ilk kök tohum duvarından geçerken başlar ve ilk gerçek yaprak çifti fotosentez işlemine başladığında biter. Aradaki üç aşama, kök olarak adlandırılan birincil kök, kök kılları geliştirdiğinde, ilk genç sürgün topraktan çıktığında ve ilk gerçek çift yaprak oluşumu bitkinin gıda üretimine başladığında gerçekleşir.
Başarılı çimlenme birbiriyle uyum içinde meydana gelen çeşitli faktörlere bağlıdır. Tohum ilk önce canlı veya canlı olmalı ve çoğu durumda, bir süre soğuk sıcaklıklardan geçirilmiş olmalıdır. Bu sürece tabakalaşma denir. Doğru su ve sıcaklık kombinasyonu mevcut olduğunda, tohum kabuğu kırılarak radikalin ortaya çıkmasına izin verir. Bu ilk kök ayrıca fideyi toprağa tutturmaya da hizmet eder, böylece az miktarda su ve rüzgar hayatta kalması için daha az tehdit oluşturur.
Kök, topraktan besin almaya başlayan küçük kök kılları geliştirdikten sonra, ilk sürgün olan, plumule denilen topraktan ortaya çıkar. Plumül, gerçek yaprakları olmayan, aslında embriyonik dönemde oluşan fotosentetik materyali olan iki kotiledon içerecektir. Cotyledonlar gerçek yapraklardan daha büyüktür ve yetişen bitki için mümkün olduğunca fazla enerji fotosentezine hizmet eder. Kotiledonlar küçülmeye ve sararmaya başladığında, ilk gerçek yapraklar tüylerden çıkmaya başlar.
Gerçek yapraklar ortaya çıktıktan hemen sonra kotiledonlar büzülecek ve bitkiden düşecektir. Yeni yapraklar bitkinin büyümesini teşvik etmek için güneşten gelen enerjiyi fotosentezize etmeye başladığında çimlenme tamamlanmıştır.
