İnsan Genom Projesinin veya HGP'nin dezavantajları, prosedürlerde yer alan risklerin sayısını ve belirli özelliklere karşı ayrımcılığı içerir. Bu proje aynı zamanda tedaviyi alan herkes için ahlaki sorunları da ortaya koymaktadır. >
Aday ebeveynler, bir noktada, çocuklarının sahip olacağı özellikleri seçebilir. Mizaç ve kişilik, boy ve vücut tipi belirlenebilir ve bilim yan etkilerden emin oluncaya kadar, DNA özel olarak dizilen kişilerde sağlık sorunları ortaya çıkabilir. HGP'nin bir diğer dezavantajı, bir tür ırk ayrımcılığı olarak kullanılması olasılığıdır
