Rekombinant DNA'nın etik sorunları, rekombinant DNA içeren organizmaların ve besinlerin potansiyel olarak tehlikeli olmaları ile ilgilidir. Birçok bilim adamı rekombinant DNA teknolojisinin güvenli olduğunu düşünürken, çeşitli savunuculuk ve sağlık grupları düzenleyici grupların önyargılı olduğunu ve olası tehlikeleri değerlendirmek için daha fazla araştırmaya ihtiyaç duyulduğunu iddia ediyor.
1972 ve 1973'te rekombinant DNA teknolojisinin başarılı bir şekilde kullanılmasını açıklayan ilk yayınlardan sonra, kullanımıyla ilgili kılavuzları tartışmak üzere 1975'te Rekombinant DNA Asilomar Konferansı toplandı. Potansiyel olarak tehlikeli deneyler hakkında ayrıntılı öneriler ve bir moratoryum ile geldi. Daha sonra, Ulusal Sağlık Enstitüleri daha resmi kılavuzlar yayınladı. Devlet düzenlemeleri NIH kurallarına dayanmaktadır.
İlgili Bilimciler Birliği, Organik Tüketiciler Birliği, Dünya Doğal Yaşam Fonu ve Greenpeace Birliği, rekombinant DNA teknolojisinin liberal kullanımının etiğini sorguluyor. Başlıca itirazlarına, gıdaların modifikasyonunda kullanıldığında uzun vadeli sonuçları etrafında kullanım merkezine itiraz edilmektedir. Dikkat edilecek noktalar arasında genetiği değiştirilmemiş gıdaların kontaminasyon olasılığı, genetiği değiştirilmiş organizmalara sahip ürünlerin tanımlanması için zorunlu etiketleme, devlet düzenlemelerinin etkinliği, çevre ve sağlık üzerinde uzun vadeli etkileri ve rekombinant DNA teknolojisi veya ürünleri ile ilgilenen şirketler üzerinde yeterli gözetim bulunmaktadır.
Amerika Birleşik Devletleri'nde eleştirmenler, yeniden düzenleyici DNA içeren ürünler satan şirketlere aşırı sempatik olan düzenleyici kurumların nesnelliğini sorgulamaktadır. Eleştirmenler ayrıca Avrupa Birliği'nde AB içinde kullanım ve ihracat için gıda ekimi arasında çifte standarda itiraz ediyor.
