Hidrojen klorür, polar bir moleküldür, çünkü hidrojen ve klor arasında polar, kovalent bir bağ içerir. Bu, hidrojene kısmi pozitif yük verir ve klor kısmi negatif yük verir.
Hidrojen klorür, klor ve hidrojen elektronundaki değerlik elektronlarından biri kovalent bir bağ oluşturmak üzere iki atom arasında paylaşıldığında oluşur. Kovalent bir bağdaki elektronlar, iki atom arasında eşit olarak paylaşılmaz. Bunun nedeni, klorinin daha elektronegatif olması ve bağlı elektronları ona daha fazla çekmesidir. Bu, kısmi pozitif yük ile hidrojeni ve kısmi negatif yük ile klorini bırakır, böylece molekülü kutupsallaştırır.
