Protozoanlar, insanlar, balıklar ve diğer hayvanlar için dolaylı bir gıda kaynağıdır. Protozoa ayrıca sudaki organik atık maddeleri parçalayarak suyun arıtılmasında önemli bir rol oynar. Adaylar, petrolün yerini saptamak için iskelet deniz protozoaları kullanırlar. Protozoanlar ayrıca her yıl milyonlarca insanı öldüren ve zayıflatan, çalışma yeteneklerini etkileyen bir enfeksiyon olan sıtmaya neden oluyor.
Protozoanlar, toprak bakteri popülasyonunu besleyerek onları kontrol eder. Bakteriyel popülasyonları düzenleyerek, protozoalar aktif büyüme aşamasında tutulmalarını sağlar. Bu, toprak bakterilerinin ölü organik maddeleri parçalama oranını arttırır. Protozoanlar ayrıca, amonyum ve ortofosfat formunda fosfor ve azot salgılarlar. Bu metabolik atılım, toprağı zenginleştirmeye ve bitki büyümesini arttırmaya yardımcı olur.
Biyologlar, protozoaları biyo indikatörleri olarak kullanırlar. Bir ortamda belirli protozoaların varlığı veya yokluğu, ekolojik rahatsızlığı veya bütünlüğü gösterebilir. Protozoanlar çevresel toksinleri emip biriktirdiklerinden, belirli toksik maddelerin varlığı için toplanabilir ve analiz edilebilir.
Ölü deniz protozoalarının iskelet tortuları fosilleşir ve önemli tortul kayalara dönüştürülür. Bunlar, yapı taşları, filtreleme maddeleri ve aşındırıcılar gibi çeşitli ticari kullanımlara sunulmuştur.
