Protistler ve bakteriler arasındaki temel farklardan biri, protistlerin ökaryotik organizmalar, bakteriler prokaryotlar olmasıdır. Bakteriler, bir çekirdek veya kloroplast gibi organeller içermeyen tek hücreli organizmalardır.
Protistler de tek hücreli organizmalardır, ancak bir çekirdeği ve diğer hücre içi organelleri vardır. Protistlerin örnekleri, amip ve paramecium'dur.
Bu iki organizma arasındaki bazı benzerlikler, ikisinin de tek pozisyonda kalabilen veya flagella gibi yapılar arasında hareket edebilen tek hücreli organizmalar olabileceğidir. Bir başka benzerlik, her krallığın üyelerinin ya ototroph ya da heterotroph olabileceğidir. Ototroflar yemeklerini yapabilirken heterotroflar bunu yapamaz.
